主要区别是，性质不同、生理特征不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、多粘类芽孢杆菌
多粘类芽孢杆菌属于类芽孢杆菌属，是一种产芽孢的革兰氏阳性细菌。是一类生理特性多样的杆状细菌，也是土壤与植物微生态的优势种群之一。
2、枯草芽孢杆菌
枯草杆菌是芽孢杆菌属的一种, 广泛分布在土壤及腐败的有机物中, 易在枯草浸汁中繁殖而得名。
二、生理特征不同
1、多粘类芽孢杆菌
是一种产芽孢的革兰氏阳性细菌，其细胞呈直杆状，大小为(0.5～2.5μm)×(1.2～10 μm)，G+C含量为40%～50%，其菌落特征多呈浅黄或白色的粘稠状，表面湿润光滑，可利用周生鞭毛运动，膨大孢子囊中产生椭圆型芽孢，最适生长pH为7.0，最适温度为28～35℃，分解葡萄糖和其他糖类，能产酸，有时产气，在营养琼脂上无可溶性色素。
2、枯草芽孢杆菌
枯草芽孢杆菌，单个细胞为 ( 0. 7 ～ 0. 8)μm× ( 2 ～ 3)μm , 着色均匀。无荚膜, 有鞭毛,，能活动, 革兰氏染色为阳性,，芽孢 ( 0. 6 ～ 0. 9)μm ×( 1. 0～ 1. 5)μm , 位于菌体中央或稍偏,，芽孢形成后菌体不膨大。菌落表面粗糙不透明, 污白色或微黄色, 在液体培养基中生长时常形成皱 壁, 为需氧型细菌。
